mknmzでインデックスを作成する際に文字コードが正しく認識されないようです

Namazu: FAQ

mknmzはLANGに `ja' から始まるlocale名が指定されていない時は日本語の処理を行いません。
Namazu 2.0 tutorialの 日本語の文書を扱うにはを参照してください。

ほー、そうなのか。日本人が作ったからって油断してちゃダメってことですね。わかります。
mknmz に --indexing-lang=ja をつければいいんですね。